ای از احیاء علوم الدین است و به نظر دانشوران دایره المعارف اسلامی و عرفانی است به چهار رکن تقسیم کرده است که به ترتیب عبارتند از: عبادات، معاملات، مهلکات و منجیات. در ربع عبادات او به ظاهر عبادات نپرداخته بلکه فلسفه و معانی آن ها را بیان کرده است. و در ربع منجیات که اساس کار ما نیز آن قسمت است به شرح و تفسیر اصطلاحات عرفانی چون توکل، رضا، شوق، محبت، خوف، رجا و غیره پرداخته است.
نجم الدین رازی، مرصادالعباد را در عصر حمله ی مغول نگاشته است که از متون بسیار نفیس به شمار می آید و دارای نثری اصیل و روان است که یادگار روزگاری است که هنوز زبان فارسی بر اثر حمله ی مغول دستخوش حوادث نشده و به تنزل نگرائیده بود. وی در این کتاب
اصطلاحات عرفانی را تشریح و تبیین نموده است که هم از نظر ادبی و هم از نظر عرفانی دارای اهمیّت فراوانی است.
شیخ محمود شبستری، صاحب منظومه ی عرفانی کوچکی به نام گلشن راز است که آن را در پاسخ سوالات امیر حسین هروی که یکی از عارفان معاصر او است به رشته ی تحریر در آورده حاوی اصطلاحات و تعبیرات عرفانی فراوانی است که شاعران آن ها را در آثار خود به کارمی برند مانند، خط و خال، خرابات، شمع و شراب و شاهد و ….
از این پنج اثر، کیمیای سعادت اثر امام محمد غزالی از کتب اخلاقی به شمار می رود و چهار اثر دیگر از کتب عرفانی بسیار مهم و ارزشمند صوفیه در قلمرو عرفان و تصوف است.
در این کتاب اساس کار، بر روی گلشن راز شیخ محمود شبستری است و اصطلاحات عرفانی آن اساس چهار کتب دیگر یعنی رساله ی قشیریه، کشف المحجوب، کیمیای سعادت و مرصاد العباد شرح شده است. در ابتدا ابیاتی را که دارای اصطلاحات عرفانی است، از کتاب ارزشمند «مفاتیح الاعجاز فی شرح گلشن راز» – که شمس الدین محمد لاهیجی شارح آن بوده است- استخراج نموده در ذیل هر بیتی، شماره ی بیت و صفحه را ذکر کردم. اگر لاهیجی راجع به اصطلاحی، توضیحی بیان کرده آن را در زیر بیت و اصطلاح مورد نظر ذکر نمودم و سپس به ترتیب زمانی، اصطلاحات مورد نظر را از چهار متن عرفانی دیگر از قبیل رساله ی قشیریه، کشف المحجوب، کیمیای سعادت و مرصاد العباد تشریح نموده ام، و اگر در این کتب نیز مطلبی مربوط به اصطلاحی بیان نشده بود، از منابع دست اول – به خصوص فرهنگ های عرفانی- و منابع دست دوم استفاده کردم تا آن اصطلاح را تشریح نمایم. در پایان هر اصطلاح عرفانی نیز، اگر تفاوتی میان دیدگاه های عرفا وجود داشته ذکر شده است.
1- دکترسجادی، سید جعفر، فرهنگ اصطلاحات و تعبیرات عرفانی، ص7.
2- همان.
1- قشیری، ابوالقاسم، ترجمه ی رساله ی قشیریه، مترجم ابو علی حسن بن احمد عثمانی، ص87.
در این بخش به شرح کلیات تحقیق پرداخته می شود تا ایجاد ذهنیتی درست از موضوع تحقیق و چارچوب مورد نظر، اهمیت آن و روش تحقیق ایجاد شود. از این رو در ادامه، ابتدا به بیان مسئله تحقیق میپردازیم و اهداف پیش رو را مشخص خواهیم کرد. سپس به توجیه ضرورت انجام طرح و سابقه تحقیق خواهیم پرداخت. معرفی روش پژوهش و تکنیکهای اجرایی بخش بعدی این فصل خواهد بود و نهایتاَ به شرح مراحلی که در فصول آتی طی خواهیم کرد میپردازیم.
1.2 بیان مسئله
سیستم های اجرایی تولید ، سیستم های مبتنی بر فناوری اطلاعات هستند که عملیات تولید را در کارخانه ها مدیریت می کنند. در طول سالها استانداردها ومدلهای بسیاری برای چنین سیستمهایی پیشنهاد شده است که محدوده آن را مشخص می کنند. فعالیتهای کلیدی این سیستمها عبارتند از:
در سالهای اخیر در کنار مفهوم سیستمهای اجرایی تولید، مفهوم سازمانهای شبکه ای مطرح شده است، اجزای این سازمانها موقتاً کنار هم جمع شده تا بتوانند مهارت ها و منابع را با یکدیگر به اشتراک بگذارند. درسیستم های تولیدی چنین سازمان هایی با رویکرد توزیعشده روبرو هستیم، چیزی که به معنی تولید محصول درست، در مکان درست،هزینه درست، زمان درست، شرایط درست می باشد. زنجیره تامین از تامین مواد خام تا تولید و توزیع و حمل و نقل و انبارداری و فروش محصولات به صورت پراکنده و در نقاط جغرافیایی مختلف صورت می گیرد. ازآنجا که مسئولیت به سازمانهای مختلف سپرده می شود در نتیجه کنترل مداوم و هماهنگی برای چنین چرخه حیاتی بسیار پیچیده می شود.کارهای صورت گرفته اغلب به صورت کنترل متمرکز بوده و کمتر کنترل به صورت غیرمتمرکز و توزیع شده صورت گرفته است.
هدف اصلی در چنین تولیدی کاهش هزینه ها ، کاهش زمان مدیریت، هرچه ساده تر شدن و یکپارچگی فرایندها و زیرسیستمها، تکنولوژیهای جدید و به روز رسانیها است. ضمناً کاهش اتلاف در تولید، سرعت در قابلیت پیکربندی مجدد در قبال رخدادهای منتظره و غیرمنتظره از دیگراهداف تولید توزیع شده محسوب می شود.
حال برای تحقق واقعی و بهینه چنین سیستمهای تولید توزیع شده ایی، نیازمند به کارگیری فناوری اطلاعات و پردازش توزیع شده هستیم چیزی که امروزه تحت عنوان پردازش ابری با ان آشنا هستیم. پردازش ابری به سرعت در حال تغییرصنایع و سازمانها برای تحقق اهدافشان می باشد. صنایع تولیدی توسط فناوری اطلاعات و تکنولوژی های هوشمند در حال توانمند شدن هستند. قدرت اصلی پردازش ابری در فراهم آوردن سرویس محاسبات در لحظه با قابلیت اعتماد بالا، مقیاس پذیری و قابل دسترس بودن در محیطهای توزیع شده است.
درپردازش ابری همه چیزتحت عنوان سرویس در نظرگرفته می شود به عبارتی (Xaas) مانند نرمافزاربه عنوان سرویس، پلتفرم به عنوان سرویس، زیرساختاربه عنوان سرویس که این سرویسها ساختارلایه ای را برای پردازش ابری فراهم میآورند. با توجه به فلسفه طراحی در همه جا تولید در همه جا، نیازمند تبادل اطلاعات در بین سایتهای مختلف تولید هستیم لذا پردازش ابری نقش کلیدی در تحقق این فلسفه دارد .
به طور کلی دو نوع اتخاذ پردازش ابری در محیطهای تولیدی وجود دارد. یکی اتخاذ مستقیم تکنولوژیهای پردازش ابری و دیگری تولید ابری که همان ورژن تولیدی پردازش ابری است. در اکثر روش های پیشنهادی در اتخاذ پردازش ابری مدیریت به صورت متمرکزصورت گرفته است. لذا هدف غیرمتمرکز و توزیع شدگی مدیریت این سیستمهای تولیدی است.
در این پایان نامه هدف ارائه چارچوبی کلان برای مدیریت سیستمهای تولیدی است در این چارچوب به ارائه مدل لایهای با توجه به لایه های
مدل پردازش ابری پرداختهایم. در این مدل سعی می شود ماژولهای اصلی سیستمهای تولیدی اجرایی استخراج شده و با تطابق این ماژولها با معماری سرویسگرا چارچوبی یکپارچه ارائه شود. این چارچوب به نحوی است که فرایندها و رویه های انجام کار را با الهام از مدل پردازش ابری گردآوری می کند و در محیطهای توزیعشده ابری راهحلی برای مدیریت سیستمهای تولیدی اجرایی در حین عدم تمرکز ارائه می دهد.
1.3 هدف از اجرا
پردازش ابری محیطی کاملاًمتفاوت به صورت مجازی و مقیاس پذیرتر برای سازمانها به وجود آورده است،مزایای این محیط ازطریق سرویس و از راه اینترنت در اختیار کاربران قرارمیگیرد. مصرف کنندگان ازابربه عنوان پلتفرم استفاده می کنند، پشتیبانی کنندگان ابر پردازش ابری را به عنوان یکی ازتوانمندسازهای صنایع تولیدی درنظرمی گیرند لذا هدف تعمیم این ایده به محیطهای تولیدی میباشد تا با خلاقیت ایجاد شده توسط ابر بتوان استراتژی های کسب و کاررا جهت دهی کرد.
هدف در تولید ابری هرچه توانمندترکردن تولید، ایجاد کارخانههای کارا که همکاری موثر با یکدیگر دارند می باشد و اشتراک منابع با به کارگیری محیط ابرتسهیل و تسریع شود. یکپارچه تر کردن محیطهای تولید توزیع شده هدف دیگر تولید ابری است که با مقیاس پذیرشدن منابع و مدلهای جدید کسب و کار پیشنهاد شده با ابر، محقق می شود. .
1.4 توجیه ضرورت انجام طرح
با توجه به تلاش سازمانها برای کوچکتر شدن و به کارگیری ساختارهای شبکه ای، همواره این سوال مطرح می شود که چگونه سیستمهای اطلاعاتی تولیدی این شرکتها در محیطهای توزیعشده مدیریت میشوند تا کارایی در چنین شرکتهایی به حداکثر برسد، لذا بر آن شدیم تا با ارائه چارچوبی کلان برای سیستمهای تولیدی توزیعشده با بهره گرفتن از مدل محاسبات ابری به مدلسازی این مفهوم بپردازیم. مدلی که ماهیت آن ظهورنوآوری در مدیریت بوده و مدیریت محیطهای توزیع شده تولیدی را تسهیل می کند.
بروچر و سایرین در مطالعه خود به این نتیجه رسیدند که در یک محیط تولیدی با اطلاعات بسیارزیاد ، برنامه های کاربردی می توانند سرویس گرا باشند. آن ها یک پلتفرم مبتنی بر ماژول و قابل پیکربندی برای تولید ارائه کردند. هدف تقابل با مشکل یکنواختی برنامه های کاربردی موجود در زنجیره تامین کد-کم-سی ان سی است. رویکرد پیشنهادی تحت عنوان تولید مبتنی بر کامپیوترآزاد یا اوپن سی بی ام( open CBM )مطرح شد تا بتوان با آن تولید مشارکتی را تقویت کرد. ایده پیشنهادی مشابه یاس( Aaas) است در حالیکه در اینجا برنامه های کاربردی تحت عنوان برنامه های کاربردی یکپارچه در نظر گرفته نمی شوند ولی به صورت مجموعه ای از سرویس ها که ارتباط سستی با یکدیگر دارند و ماژولاریتی و قابلیت استفاده مجدد از یک سیستم را تضمین می کنند، لحاظ میگردند.
برای افزایش سرویس گرایی و کاهش پیوستگی وان در ولد یک چارچوب نصب و اجرا (pug and play) برای ایجاد نرم افزار شبیه سازی ماژولار عنوان کرد. در این چارچوب کاربر در لایه برنامه کاربردی در سیستم تولید ابری این امکان را دارد تا هدف شبیه سازی را انتخاب کند و اجرای شبیه سازی را تحت عنوان مولفه (کامپوننت) انتساب دهد. این مولفه ها در عمل موجودیت های نرم افزاری هستند ( و اینکه تحت عنوان ساس-Saas -در تولید ابری و محاسبات ابری شناخته می شوند) وماژولهای خودشمولی می شوند که قابل جابه جایی و پلاگ شدن بعد از شبیه سازی را داشته و خروجی از طریق کامپوننت ها پس پردازش می شوند. در چنین معماری، ماژول های نرم افزاری شناسایی و بارگیری شده و در حین اجرای چارچوب مورد استفاده قرار می گیرند.
با کاهش پیوستگی مشکل عدم سازگاری بروزمی کند.ناش چارچوبی برای حل مشکل عدم سازگاری سیستم های سی آ ( CA )مطرح کرد. این چارچوب بسیارشبیه یک سیستم یاس( Iaas ) است. پلتفرم اینترفیس های منحصر به فرد برای سیستم های متفاوت کد-کم-سی ان سی(cad-cam-cnc) فراهم می کند. یک انبار داده بسیار پیچیده تجهیز شده است تا اطلاعات تولید را به عنوان پایه ای برای نشان دادن دانش تولید که با بهره گرفتن از شمای XML افزوده شده است، تجهیز کند. سیستم متشکل از انبار داد ه های تولیدی، دانش تولیدی، باس تبادل اطلاعات و اینترفیس های مختلف است که به عنوان ساختار اصلی عامل (agent) به کاررفته است تا باس تبادل داده ها و اینترفیس ها را پشتیبانی کند. در این سیستم کامپوننت های مختلفی اززنجیره کد-کم-سی ان سی(cad-cam-cnc) می تواند اطلاعات را تبادل کند
در همین راستااخیراً مختار و هوشمند پلتفرمی را ارائه داده اند که تئوری طراحی بدیهی را برای پی بردن به قابلیت کار کردن بین زنجیره سی آ (CA) نشان می دهد. متدولوژی طراحی بدیهی با این هدف مطرح شده است که یک نقشه راه سیستماتیک از ترکیب بهینه تبادل داده ها از طریق راه حل های مستقیم و غیر مستقیم در محیط CA پیشنهاد می کند. این رویکرد به اینکه چگونه یک منبع، طراحی ،تولید و کپسوله می شود و اینکه چگونه لایه سرویس جهانی ایجاد می شود فراهم می آورد، پرداخته است .
وانگ و زو یک پلتفرم توزیع شده تولیدی دیمپ (DIMP) را پیشنهاد کردند. این پلتفرم یک محیط یکپارچه بین برنامه های کاربردی کد-کم-سی ان سی( cad-cam-cnc ) فراهم می سازد. این یک ساختار مبتنی بر ماژول است که برای یکپارچه کردن پلتفرم از همان معماری سرویس گرا استفاده کرده است. در این پلتفرم درخواست-های کاربران جمع آوری شده و به صورت الگویی از سرویس های نرم افزاری سازمان دهی شده است. در دیدگاه سرویس گرا، ابزارهای نرم افزاری متجانس به صورت ترکیب کننده های سرویس مجازی یکپارچه می شوند و برای کاربر فراهم می شوند، در این روش، نرم افزارها در فرایندهای عملیاتی جایگذاری می شوند.
با توجه به شکاف موجود در ادبیات هدف این تحقیق ارائه چارچوبی کلان برای مدیریت سیستم های تولیدی است. این چارچوب به ارائه مدل لایه ای با توجه به لایه های مدل پردازش ابری می پردازد. و به نحوی سازماندهی خواهد شد که فرایندها و رویه های انجام کار را با الهام از مدل پردازش ابری گردآوری کند و در محیط های توزیع شده ابری راه حلی برای مدیریت سیستم های تولیدی اجرایی در حین عدم تمرکز ارائه دهد.
1.6روش پژوهش و تکنیکهای اجرایی
یک روش پژوهش راهبردی صورت خواهد گرفت . طی مطالعات کتابخانه ای و مطالعه مقالات به مضمون ارائه شده میپردازیم.
1.7استفاده کنندگان از نتایج تحقیق
نتایج حاصل از این تحقیق در حقیقت چارچوبی است که حاوی ماژولهای مختلف بخش تولید است، هرسازمان تولیدی برحسب شرایط ممکن است در یکی از این بخشها قوی و یا ضعیف باشد. این ماژولهای توزیعشده در ابر و مدل اقتصادی آن می تواند راهحلی مناسب برای هر یک از این شرکتها باشد.
1.8 ساختار فصول
در ابتدا به بررسی ادبیات موضوع در چند حوزه مفاهیم اولیه سیستمهای اجرایی تولید، تولید توزیعشده، سرویسگرایی و مدل محاسبات ابری پرداخته شد. در خلال این بخش توابع اصلی سیستمهای اجرایی تولید بر اساس استانداردهای مختلف مطرح شد. استانداردهای اصلی استاندارد MESA بوده و استاندارد بعدی که جامعتر بوده،ANSI/ISA 95 میباشد که MESA نیزمبنای آن بوده است. متعاقباً بحث تولید توزیعشده مطرح شد و چشماندازها و مفاهیم تولید توزیعشده نیز مرور می شود. مفاهیمی نظیر تولید هولونی و عاملگرا، سپس نقش فناوری اطلاعات در تولید توزیعشده و انواع سبکهای به کارگیری مطرح می شود. در ادامه مدل محاسبات ابری و ویژگیها و پتانسیلهای آن، نقاط قوت و ضعف آن، فرصتها و تهدیدهای آن و ویژگیهایی نظیر مجازیسازی و خاصیت الاستیکی ابر و … بحث می شود. سپس بحث سرویسگرایی و شناسایی سرویسها که مبنای مدل محاسبات ابری در این تحقیق است به صورت مفصل مورد بررسی قرار میگیرد.
در فصول آتی رویکرد مورد استفاده در ادامه تحقیق مطرح می شود، در حین به کارگیری رویکرد نیازمند به کارگیری متدولوژی مناسب برای شناسایی سرویسهای مورد نظر در سیستم مورد بررسی هستیم، نهایتاً در متدولوژی SOMA ، راه حل ESB برای ماژول اصلی این سیستم یعنی مدیریت سفارش انتخاب می شود. درطی مراحل شناسایی سرویسها، در این متدولوژی مدلسازی سرویس-هدف و تجزیه دامنه صورت میگیرد. ماژولهای اصلی سیستم اجرایی تولید توزیع شده، مدیریت سفارشها، مدیریت منابع، زمانبندی، پیگیری، بازرسی، مدیریت تعاریف است، برای به کارگیری تمامی این ماژولها نیازمند آن هستیم تا با نمودارهای فعالیت، نحوه تعامل آنها را با یکدیگر نشان دهیم.
نهایتاً چارچوب پیشنهادی در قالب یک مطالعه موردی به بحث و بررسی گذاشته شده واز دیدگاه های مناسب ارزیابی شده است. در ادامه با توجه به شرکتهایی که پیشرو در طراحی سیستمهای اجرایی تولید هستند، نتایج پیادهسازی عملی نشان داده شده است.
ای از قابلیت ردیابی ارائه شده و متعاقباً به تشریح و بیان مسئله و همچنین اهمیت و ضرورت تحقیق پرداخته شده است. در ادامه، سوالات تحقیق، اهداف اساسی تحقیق و نتایج مورد انتظار از اجرای این پژوهش و همچنین قلمرو و ساختار تحقیق شرح داده شده است، این موارد به آشنایی و شناخت موضوع تحقیق کمک میکند.
فصل دوم، ادبیات نظری و پیشینه تحقیق بیان گردیده است. این فصل شامل دو بخش اصلی است؛ مرور ادبیات و پیشینه تحقیق. در بخش اول، مرور ادبیات به تعاریف و رویکردهای مختلف در زمینه برنامه ریزی منابع سازمان، مدیریت زنجیره تأمین و قابلیت ردیابی بعنوان واژگان کلیدی پرداخته شده است. در هر زمینه چندین تعریف از استانداردها و یا محققان مختلف جمع آوری شده است. در زمینة برنامه ریزی منابع سازمان یا به اختصار ERP به سیستمها و اجزای تشکیلدهنده، مزایا، مدیریت موجودی و ماژولهای ERP که ردیابی و پیگیری یکی از این ماژولهاست پرداخته شده است. در زمینه مدیریت زنجیره تأمین به تاریخچة مدیریت زنجیره تأمین ، مزایا، مدیریت و
فرایندها و عملکردهای اصلی زنجیره تأمین پرداخته شده است. در بخش قابلیت ردیابی، به تعاریف قابلیت ردیابی و انگیزهها، اصول، عناصر ضروری، محرکها، مزایا، یافتههای تجربی زمینههای علمی شناسایی شده و همچنین روشهای تبادل و تقابل اطلاعات، استانداردها و ابزارهای مورد استفاده پرداخته خواهد شد.
در بخش دوم، به مرور پیشینه تحقیقات انجام شده اختصاص دارد.
فصل سوم روششناسی تحقیق است و در آن، در خصوص مدلسازی سیستم قابلیت ردیابی بحث میکنیم. در این فصل ابتدا به بحث در مورد مدلسازی میپردازیم، و ساختار استاتیک مدلسازی و روشهای تبادل و تقابل اطلاعات در سیستم را بیان مینماییم. جزئیات ساختار مدلسازی در صنایع غذایی ذکر خواهد شد و در ادامه مدلهای ارائه شده توسط محققان مختلف را بررسی نموده و مدل انتخابی خود را برمیگزینیم تا توسعة مد نظر را در آن اعمال نماییم.
فصل چهارم، پیادهسازی مدل پیشنهادی است. برای مدلسازی زنجیره تأمین لبنیات در تولید محصول ماست مراحل مدلسازی بهشرح زیر را انجام خواهیم داد.
در ادامه این فصل در مورد هزینة پیادهسازی قابلیت ردیابی مطالبی را ارائه خواهیم نمود.
فصل پنجم به نتایج اختصاص دارد. در فصل پنجم، نتایج حاصله از مدلسازی را ارائه میدهیم و سوالات تحقیق را پاسخ میگوئیم و مشکلات این سیستم را تشریح کرده و پیشنهاداتی برای تحقیقات آتی بیان میداریم.
(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)
تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :
(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)
عنوان صفحات
سرطان. 6
درمان سرطان. 8
گیرنده TrkB وعملکردآن. 9
Trk B وسرطان. 11
ساختار Trk B.. 12
سایتهای اتصال یابنده در رسپتور Trk. 13
فاکتورهای نئوروترفیک وعملکرد آنها 13
پروتئین BDNFوعملکردآن. 15
داروهای مهارکننده Trk B.. 17
پپتید درمانی.. 17
بیوانفورماتیک… 28
فلوسایتومتری.. 29
Western Blot 30
مواد و روشها 32
طراحی کتابخانه پپتیدی.. 33
ایجاد اسکلتهای انعطاف پذیر پپتیدی.. 34
طبقه بندی پپتیدهای تولیدشده براساس انرژی.. 35
انتخاب بهترین پپتیدها براساس انرژی.. 36
ایجاد ساختار سه بعدی پایدارترین پپتیدها 36
اتصال پپتیدهای طراحی شده باگیرندهTrk B.. 36
بررسی اندرکنشهای پپپتیدی و رسپتور. 38
بخش ازمایشگاهی.. 38
محلولها 38
کشت سلولی.. 38
پاساژسلولی (sub-culture) 39
سلولهای چسبنده. 39
سلولهای سوسپانت.. 40
فریز کردن. 40
طرزتهیهFBS دکمپلمان برای استفاده درکشت سلولی.. 41
ذوب کردن. 41
شمارش سلولی.. 41
MTT Assay. 42
غلظتهای استفاده شده برای پپتید. 43
فلوسایتومتری.. 43
استخراج پروتئین.. 44
مواد مورد استفاده برای جمع آوری کردن(Harvest) سلول. 45
اندازه گیری پروتئین با روش برادفورد. 47
مراحل وسترن بلاتینگ… 47
آماده سازی ژلSDS-PAGE 48
آماده کردن پروتئینها برای Loading در SDS-PAGE.. 50
مرحله ترانسفر. 51
Preparation of solutions. 52
آماده کردن کاغذ pvdf. 53
مرحله بلات کردن. 53
طراحی کتابخانه پپتیدی.. 55
IC50% سلولها 57
پیشگویی ساختار سه بعدی.. 58
تداخل لیگاند – رسپتور. 59
آمینواسیدهای شرکت کننده دراندرکنش… 61
نمایش اندرکنشهای گیرنده Trk Bبا پپتیدهای طراحی شده. 62
بررسی اثر توکسیک پپتیدهای سنتزشده با آزمون بقا سلول. 65
نتایج فلوسایتومتری.. 71
نتایج وسترن بلات.. 77
اندرکنشهای پپتیدها و رسپتور. 79
بحث.. 82
منابع. 90
خلاصه فارسی
سرطان به عنوان دومین عامل مرگ ومیر بعد از بیماریهای قلبی ساخته شده است،یکی از مهمترین پروتئینهای انکوژن TREKB می باشد که لیگاند اختصاصی آن BDNF(Brain derived neutrophic factor) می باشد وبیان بیش از حد این گیرنده در سرطانهای پروستات و مولتیپل مایلوما و تخمدان و تیروئید مشاهده شده است.
BDNF با اتصال خود به گیرنده TRK B باعث دایمراسیون در این گیرنده و ایجاد سیگنالهایی در مسیرآنژیوژنسیس و افزایش میزان تعداد سلولها می شود ،هدف این مطالعه طراحی پپتیدهایی بر علیه گیرنده TRK B (Tropomyosin Receptor B Kinase) به عنوان مهار کننده می باشد،در این مطالعه ابتدا در قسمت Insilico کتابخانه پپتیدی با روش sequence tolerance و backrub ساخته شد و بهینه سازی انرژی پپتید با با بهره گرفتن از روش مونتو کارلوانجام شد و پپتیدهایی با حداکثر پایداری بر اساس انرژی توسط نرم افزارRانتخاب شدند و سپس ساختار سه بعدی پپتیدها با بهره گرفتن از روش دینامیک مولکولی با بهره گرفتن از نرم افزار7 Hyperchem تعیین گردیدو Docking این پپتید ها توسط نرم افزار HADDOCK تکمیل گردید،نحوه اتصال آنها توسط نرم افزار Lighplot انالیز شد و ساختار سه بعدی این پپتید ها با گیرنده توسط نرم افزار PYMOL نمایش داده شد و در نهایت توالی 2 عدد از بهترین پپتیدها با کمترین انرژی توسط شرکت Tag copeghene دانمارک سنتز شدند .
در قسمت آزمایشگاهی، ابتدا با انجام تست MTT اثر توکسیک پپتید یک و دو در غلظتهای 50 ،200 ،350، 500 نانو مولار و سیکلو تراکسین در غلظت 200 نانو مولار به عنوان کنترل مثبت بر روی رده سلولی ,RPMI822, Sk-ov-3,Ov-car-3U266 مطالعه شد و سپس فلوسایتومتری برای سلولها با کیت ّّّFITC-Annexin V در غلظتهای 450 و 350 نانو مولار برای پپتید یک و دو و در غلظت 200 نانو مولار برای سیکلو تراکسین انجام گردید، سپس پروتینها بعد از تیمار با بهره گرفتن از لیز بافر ، لیز شده و پروتئین های آنها استخراج گردید و غلظت پروتئین توسط دستگاه اسپکترومتری برادفورد مشخص شد و سپس Western blotting برای بررسی میزان بیان پروتئینها بعداز تیمار انجام شد.
یافته هانشان داد که پپتیدهای طراحی شده دارای تمایل اتصال بالایی به رسپتور TrkBمی باشند و باعث مهار رشد سلولی در رده سلولی مذکور شده اند و نتایج این مطالعه نشان داد که مهار رسپتور Trk B می تواند به توقف رشد سلول سرطانی منجر شود.
سرطان
سرطان سلولها به طور غیر عادی تقسیم و تکثیر شده و بافتهای سالم را از بین برده می شود. سلولهای سرطانی از حالت عادی تقسیم و رشد سلولها جدا می شود. سرطان به عنوان دومین عامل مرگ ومیر در جهان بعد ازسکته قلبی شناخته شده است و در واقع سرطان به علت مرگ بالای آن به عنوان یک عامل کشنده محسوب می شود و طبق آمار جهانی در سال 2011 در حدود 1596670 نفر مبتلا و در حدود 571950 نفر در اثر این بیماری جان خود را از دست داده اند(1). آمار نشان داده است مرگ در اثر سر طان 1 نفر از هر 4 آمریکایی می باشد و در ایران سر طان به عنوان سومین عامل مرگ ومیر می باشد(2). بیشترین سرطانهای شایع شامل سرطان های ریه، معده ، کولورکتال، کبد و سرطان pestan می باشد(3, 4). سرطان دارای دو جنبه محیطی( در حدود 90% ) و ژنتیکی ( در حدود 10%) می باشد که از علتهای محیطی می توان به سیگار، رژیم های غذایی و چاقی، پرتوافکنی، عفونت، استرس، فقدان فعالیت فیزیکی وآلودگی محیطی اشاره نمود(5). تنباکو دارای چندین عامل کارسینوژن شامل نیتروزامین و هیدروکربن های آروماتیک است که ارتباط مستقیم با سرطان ریه و حنجره دارند و رژیم غذایی و کمبود فعالیت فیزیکی علت 30% از سرطان ها می باشد(6, 7). پرتوافکنی یونیزه و غیر یونیزه با سرطان در ارتباط می باشند. شکست DNA بوسیله پرتو افکنی منجر به فعالیت ژنی، خاموش شدن و حذف شدگی در کروموزوم می شود. وراثت در بسیاری از سرطانها نقش مهمی ندارد ولی بعضی از جهش ها در ژن BRCA1 منجر به سرطان pestan و تخمدان می شود که به عدم تعادل تولید سلولها و مرگ سلولی منجر می شود که دو جنبه مهم در چرخه سلولی می باشند(8, 9). عوامل ژنتیکی به 2 گروه طبقه بندی می شوند، انکوژن ها که منجر به رشد سلولی می شود و گروه دیگر که نقش مهمی در مهار رشد و تقسیم سلولی دارند به نام تومور ساپرسور هاشناخته شده اند(10, 11). از مهمترین انکوژن ها می توان RAS ,WNT ,MYC ,ERK و TRK را نام برد(12) و از تومور ساپرسورها می توان به p21, p27 p53, p16, p15, p19 وp18 که در سرطانهای مختلف یافت شده اند اشاره کرد(13, 14). البته لازم به ذکر است که تغییرات ژنتیکی برای ایجاد بعضی از سرطان ها لازم می باشد که این جهش ها به میزان متفاوتی در سرطان های مختلف رخ می دهند. اخیرا نشان داده شده است که تعدادی از پروتو انکوژن ها و تومور ساپرسور ها در سلول به وسیله سیستم تخریبی ubiquitin-proteasome کنترل می شوند(15, 16)، از عوامل دیگری که درایجاد سرطان نقش دارند می توان به تغییرات اپی ژنتیک شامل هایپومتیلاسیون و هایپرمتیلاسیون در سطح DNA اشاره کرد(17, 18)، هایپر متیلاسیون منطقه پروموتور ژن های ساپرسور منجر به کاهش ترجمه این ژنها می شود که به سلول اجازه می دهد بصورت افسار گریخته رشد کند. ژن های جهش یافته در رشد و مرگ سلولی، اندرکنش های سلول –سلول و مسیر های سیگنالینگ سلولی نقش دارند، بی نظمی در چرخه سلولی به عنوان یک عامل خیلی مهم در پاتولوژی سرطان مطرح می باشد(19, 20)، بطوری که جهش درژن هایی از قبیل p53 در 50% از موارد سرطانها دیده شده است(21, 22) در سرطان تغییرات ژنومی، باعث ایجاد موتاسیون هایی می شود که در نهایت منجر به تولید ژن های انکوژن با عملکرد غالب واز دست رفتن عملکرد ژن های ساپرس کننده تومور می شود، که باعث رشد سلولی بیش از حد و غیر نرمال می شود. تومورها به دو گروه طبقه بندی می شوند که شامل تومورهای خوش خیم و بدخیم می باشند(23) سرطان دارای انواع مختلفی می باشد: کارسینوما که از سلو لهای اپی تلیال منشا می گیرند که بیشترین موارد سرطان را شامل می شوند(24, 25)، سارکوما که از بافت های پیوندی مانند استخوان و غضروف و غیره منشاء می گیرند که در حقیقت از سلو لهای مزانشیمی منشا گرفته اندو لوکمیا که از دو نوع از سلولهای هماتوپوئتیک و سلو لهای لنفوما منشا می گیرد و در کودکان حدود 30 % از تومور ها را شامل می شوند، تو مور های سلول زایا در سلو لهای بیضه ، تخمدان و بلاستوما (که از سلو لهای جفتی منشا می گیرد) دیده می شوند(26, 27).
درمان سرطان
امروزه روش های مختلفی برای درمان سرطان وجود دارد که شامل جراحی، شیمی درمانی، رادیو تراپی، هورمون درمانی و ژن درمانی و اخیرا از داروهای بیولوژیکی مانند مونوکلونال آنتی ابادی، میکرو RNA، نوکلئوتید اسیدها و پپتید تراپی برای درمان سرطان استفاده می شود(28, 29)، که با توجه به پیشرفتی های اخیر در علم پوتئومیکس، امروزه پپتید درمانی به عنوان یک روش درمانی توجه بسیاری از محققین را به خود جلب کرده است(30-32)، با ظهور کتابخانه پپتیدی، پپتید درمانی یک نقش مهم را در درمان بیماریهای مختلف از آلزایمر تا سرطان را ایفا می کنند(33, 34)، در حال حاضر پپتید ها با سایزها ی مختلف به عنوان دارو در بازار موجود می باشند (جدول شماره1)، پپتید ها با دو روش بیوسنتتزی (از طریق قطعات میکروبیال نوترکیب یا طبیعی ) یا شیمیایی (از طریق کونژوکه شدن با مولکولهای کوچک یا الحاق با آمینو اسید های غیر طبیعی با طراحی های مختلف ) سنتز شوند(35, 36)در درمان سرطان سایز کوچک پپتیدها به عنوان یکی از مزایای آنها در درمان مطرح می باشد چون می تواند به راحتی وارد سلول شود و همچنین تحقیقاتی در مورد کاربرد پپتید ها در واکسیناسیون و هدف درمانی دارو (Drug targeting) در سرطان مطرح شده است(3, 37). بیشتر درمانها که اخیرا برای درمان سرطان استفاده می شود دارای اختصاصیت پایین و همچنین دارای عوارض جانبی زیادی می باشند ولی پپتید ها به عنوان دارو دارای مزایایی از قبیل اختصاصیت بالا و عوارض جانبی کمتر می باشند(3, 38, 39) بنابراین به علت افزایش جذب سلولی و مزایای دیگر آن که اشاره خواهد شد در درمان و حتی در واکسیناسیون درمانی هم استفاده می شوند(40)، در مطالعات انجام شده بر روی سرطان، پپتید ها در مواردی به عنوان مهار کننده آنژیوژنسیس استفاده شده اند که باعث مهار اتصال آلفا 5 انتگرین به لیگاندهایش می شود که خود منجر به توقف رشد سلولهای سرطانی می گردد(41)، در مواردی پپتیدها به عوامل سایتو توکسیک مانند دکسوروبیسین متصل و اثر درمانی می گذارد، که در یک مطالعه پپتید ها به منظور افزایش اثر دارو و کاهش سمیت سلولی بکار گرفته شده اند(42)، پپتید های با خاصیت آنتی میکروبیال می توانند به عنوان القاءکننده آپوپتوزیس مورد استفاده قرار گیرند(38, 43).
منابع انرژی رو به زوال سوختهای فسیلی، جامعه رو به توسعه انسانی را در آیندهای نهچندان دور دچار کمبود سوخت میسازند. با رشد سریع جمعیت و رسیدن آن به مرز 10 میلیارد نفر تا 50 سال دیگر نیاز به منابع پایانناپذیر سوخت افزایش خواهد یافت]1[. بر اساس تخمینی از رشد جمعیت و رشد اقتصادی همراه با آن و با در نظر گرفتن روند رشد تقاضای انرژی، میزان تقاضای انرژی در سال 2050 میلادی 27 تراوات و در سال 2100 میلادی 43 تراوات خواهد بود]2[. بنابراین اگرچه نفت، گاز طبیعی و ذغال سنگ در کوتاه مدت میتوانند نیاز انرژی را برآورده نمایند، ولی در دهههای آتی و با پیشی گرفتن تقاضای نفت از عرضه آن، نمیتوانند به عنوان یک گزینه مناسب مطرح شوند. در نتیجه با توجه به اینکه منابع سوختهای فسیلی رفته رفته در حال کاهش است حتی در صورت یافتن منابع جدید نفت و یا افزایش بهره برداری از مخازن موجود، مشکل مهم تغییرات آب و هوایی نه تنها حل نمی شود، بلکه تشدید نیز خواهد شد. بدون شک رهاسازی کربن ذخیره شده در سوختهای فسیلی، غلظت دیاکسید کربن را در جو افزایش میدهد؛ انباشتگی گازهای گلخانهای در سالهای اخیر سبب شده که دمای متوسط جهانی از دماهای پیش از تاریخ نیز فراتر رفته و منجر به ذوب یخهای طبیعی و افزایش سطح دریاها بشود]2[. بنابراین حتی جایگزینی نفت و گاز با سوختهای دیگری مانند ذغالسنگ، هیدرات متان و قطران ذغالسنگ نیز منجر به رهاسازی گاز دیاکسید کربن بیشتر به جو، تشدید نمودن آسیبهای زیست محیطی و شتاب بخشیدن به تغییرات آب و هوایی میگردد. بنابراین از این دیدگاه ما به روشی برای تولید انرژی نیازمندیم که با نرخ بیش از 1% در هر قرن گاز دیاکسید کربن را به جو وارد ننماید. بزرگترین چالش پیش رو این است که علاوه بر برآورده نمودن نیاز رو به رشد انرژی، مسئله نشر گازهای گلخانهای نیز به طور همزمان
برطرف گردد.
در نتیجه نگرانیهای انتشار پیوسته و در حال افزایش دیاکسید کربن به اتمسفر و همچنین وسعت آلودگی ناشی از سوختهای فسیلی که زندگی در کره خاکی را دچار مشکل ساخته است، نیاز به منابع انرژی از منابع تجدیدپذیر با حداقل تأثیر منفی زیست محیطی را افزایش میدهد]3[. در این ارتباط قوانین سخت گیرانه تر زیستمحیطی وضع گردیده و اعتبارهای مالی بالایی برای پژوهش در زمینه بهرهبرداری از انرژیهای نو تصویب گردیده است]1[.
گزینش جایگزینهای مناسب، ارزانقیمت و تمیز برای سوختهای فسیلی، به هر ترتیب یک ضرورت آشکار است. انرژیهای تجدیدپذیری مانند انرژی خورشیدی، باد، زمین گرمایی و انرژی حاصل از زیست توده گزینه های مناسبی به شمار میآیند. در این بین انرژی خورشیدی یک منبع انرژی مناسب و جذاب میباشد، زیرا علاوه بر تجدیدپذیری به میزان زیادی نیز در دسترس میباشد. ولی به علت وجود مشکلات فنی و اقتصادی، در حال حاضر نمیتوان در کوتاه مدت به طور کامل به این انرژی متکی بود. در حدود 200 تراوات از 170000 تراوات انرژی خورشیدی تابیده شده، به انرژی باد تبدیل میگردد؛ در حالی که از این میزان 67 تراوات از طریق چرخههای آبی به انرژی آب و 100 تراوات نیز از طریق فتوسنتز به شکل زیست توده ذخیره میگردد]4[. نمایی از این امر در شکل 1-1 نشان داده شده است. بخشی از فناوریهای مرتبط با این انرژیها مانند توربینهای بادی، سدهای برقابی، صفحات خورشیدی و فرایندهای تولید اتانول و متان از زیست توده در سالهای اخیر توسعه یافتهاند ولی با این حال، با رشد جوامع، بایستی نرخ رشد و توسعه این فناوریها نیز افزایش یابد.